EFRO: Nationale programma’s:
Elk van de vier programmagebieden heeft een Management Autoriteit. De Management Autoriteit is doorgaans de provincie uit het programmagebied. De uitvoering gebeurt in samenwerking met steunpunten die per programma zijn aangewezen. Dit kunnen provincies en/of gemeentes zijn. Het Comité van Toezicht ziet toe op de correcte uitvoering van het programma. Ook brengt het advies uit over voorgestelde wijzigingen op het programma.

EFRO: Interreg A:
De Management Autoriteit van Interreg A is een overheidsinstantie afkomstig uit één van de regio’s waarop het programma zich richt. De uitvoering verschilt per programma. Bij sommige programma’s is een apart secretariaat verantwoordelijk voor de dagelijkse leiding en uitvoering van het programma. Bij andere programma’s valt de dagelijkse uitvoering onder de verantwoording van de Management Autoriteit zelf. Het Comité van Toezicht ziet toe op de correcte uitvoering van het programma en brengt advies uit over voorgestelde wijzigingen op het programma. In dit comité zitten vertegenwoordigers uit de programmagebieden. Voor advies en begeleiding bij een projectaanvraag zijn er regionale steunpunten, met uitzondering van Vlaanderen Nederland. De advisering hiervan ligt bij het programmasecretariaat.

EFRO: Interreg B en Interreg Europe:
Het Interreg-programma Europe wordt centraal aangestuurd vanuit Lille, waar zowel de Management Autoriteit als het Gemeenschappelijk Secretariaat zijn gevestigd. De Management Autoriteit delegeert de dagelijkse uitvoering van de projecten naar programmasecretariaten. Daarnaast zijn er Monitoringcomités. In deze comités zitten vertegenwoordigers uit de betreffende lidstaten. Een Monitoringcomité houdt toezicht op de uitvoering van het programma, stelt aanvullende regelgeving voor het programma vast en bewaakt de algemene strategie. Daarnaast heeft iedere lidstaat National Contact Points om geïnteresseerde partijen te assisteren bij een projectaanvraag. Voor Interreg B en Europe zijn deze gevestigd bij de Rijkdienst van Ondernemend Nederland (RVO.nl).